Las principales funciones de la Junta de Aeronáutica Civil se desprenden de su Ley Orgánica (DFL N° 241, de 1960) y del D.L. N° 2.564, de 1979; y son las siguientes:
- Ejercer la dirección superior de la aviación civil en el país;
- Ejercer la dirección de la aviación comercial y administrar las políticas correspondientes;
- Representar al Gobierno de Chile ante los Organismos Internacionales Aeronáuticos de Transporte Aéreo;
- Participar en la negociación y elaboración de acuerdos y convenios internacionales relacionados con la aviación comercial, siendo la contraparte chilena en las negociaciones comerciales bilaterales sobre transporte aéreo;
- Calificar la reciprocidad de derechos que otorguen a las empresas aéreas nacionales los países extranjeros, para los efectos de aplicar restricciones cuando corresponda;
- Asignar frecuencias aéreas internacionales entre las empresas chilenas, mediante licitación pública cuando éstas están restringidas;
- Promover la facilitación del transporte aéreo internacional;
- Confeccionar estadísticas oficiales;
- Llevar el registro de las tarifas;
- Establecer y controlar los seguros de aeronaves comerciales.